中国当代儿科杂志  2015, Vol. 17 Issue (1): 6-10   PDF    
儿童急性髓系白血病9P21区基因甲基化的研究
张丽, 阮敏, 刘晓明, 张家源, 郭晔, 杨文钰, 刘芳, 刘天峰, 王书春, 陈晓娟, 邹尧, 陈玉梅, 竺晓凡     
中国医学科学院血液病医院/血液学研究所儿科, 天津 300020
摘要目的 研究9P21 区的CDKN2A 和CDKN2B 基因甲基化在儿童急性髓系白血病(AML)中的发生率及其与临床特征及预后的相关性.方法 回顾性分析2010 年4 月至2012 年12 月被诊断为AML 的58 例患儿的临床资料.选取38 例健康志愿儿童为对照组,采集两组儿童的骨髓或外周血,常规提取基因组DNA;应用甲基化特异性- 多重连接酶依赖性探针扩增法(MS-MLPA)检测CDKN2A 和CDKN2B 基因甲基化情况.结果 进行检测的健康儿童未发现基因甲基化.58 例患儿中,44 例检测到甲基化探针.CDKN2A 基因甲基化涉及136 bp 和237 bp 探针;CDKN2B 基因甲基化涉及130 bp、210 bp、220 bp 和417 bp 探针.CDKN2A 基因甲基化率仅为5%,而CDKN2B 基因甲基化率为76%.部分探针甲基化与初诊时的性别、血红蛋白和血小板水平有关.结论 儿童AML 患者CDKN2B 基因甲基化率较高,而CDKN2A 基因甲基化率较低.
关键词急性髓系白血病     甲基化     儿童    
Methylation of the genes in the 9P21 region in children with acute myeloid leukemia
ZHANG Li, RUAN Min, LIU Xiao-Ming, ZHANG Jia-Yuan, GUO Ye, YANG Wen-Yu, LIU Fang, LIU Tian-Feng, WANG Shu-Chun, CHEN Xiao-Juan, ZOU Yao, CHEN Yu-Mei, ZHU Xiao-Fan     
Department of Pediatrics, Institute of Hematology, Blood Diseases Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences, Tianjin 300020, China
Abstract: Objective To investigate the methylation rate of cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A) and cyclin-dependent kinase inhibitor 2B (CDKN2B) in the 9P21 region in children with acute myeloid leukemia (AML) and the association of gene methylation with clinical features and outcomes. Methods The clinical data of 58 children who were newly diagnosed with AML between January 2010 and December 2012 were retrospectively analyzed. Thirtyeight healthy children were recruited as the control group. Genomic DNA was extracted from bone marrow or peripheral blood of the 58 patients and 38 healthy children. The methylation status of CDKN2A and CDKN2B was analyzed by methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification. Results Gene methylation was not found in healthy children. Methylation probes of 44 patients were detected in 58 patients. The methylation of CDKN2A was detected with 136 bp and 237 bp methylation probes. The methylation of CDKN2B was detected with 130 bp, 210 bp, 220 bp, and 417 bp methylation probes. The methylation rate of CDKN2A was 5%, while the methylation rate of CDKN2B was 76%. The methylation detected by some probes was associated with sex, hemoglobin, and platelet count at the first visit. Conclusions The methylation of CDKN2B is a common event in children with AML, while the methylation of CDKN2A is relatively rare.
Key words: Acute myeloid leukemia     Methylation     Child    

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)是一组在临床及细胞遗传学上均具有高度 异质性的疾病,具有多种遗传性缺陷[1]。初诊时的 细胞遗传学(染色体核型分析)检测结果已经作为AML 的重要的预后因素[2]。研究发现,除了遗 传学的改变之外,表观遗传学在肿瘤发生的过程 中也起到了重要作用[3]。越来越多的研究表明, DNA 甲基化状态异常尤其是抑癌基因的高甲基化 失表达在白血病的发生发展、诊断、检测微小残 留病、预测病情以及指导治疗方面都有重要的作 用[3, 4, 5, 6, 7, 8]

9 号染色体短臂21 段(9P21)的异常在多 种肿瘤的发生发展过程中起着重要的作用。目前 已经发现在9P21 区段有P14/ARF、P16/INK4A、 P15/INK4B 等抑癌基因,它们的位置非常临近,并 且有部分重叠,构成了一个重要的抑癌基因簇。 通过抑制细胞周期蛋白依赖性激酶4 和6(cyclindependent kinases 4 and 6) 的活性,使细胞周期 停滞于G1/S 期,对细胞周期起着负性调控作用 [9, 10]。范丽萍等[11] 采用巢式甲基化特异性聚合酶 链反应法观察了82 例急性白血病患者中P16 基 因甲基化,结果显示P16 基因高甲基化发生率为 39.0%; 在成人AML 中,有50%~80% 的患者可 以检测到CDKN2B 基因(P15) 甲基化[8, 12]。关 于AML 中基因甲基化的研究在国内外已经较多, 然而多是成人AML 的研究,在儿童AML 中的研 究相对较少。为了解我国儿童AML 中P14/ARF、 P16/INK4A、P15/INK4B 基因甲基化的情况,本研 究应用甲基化特异性- 多重连接酶依赖性探针扩增 法(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification,MS-MLPA) 对58 例初诊AML 患儿进行9P21 区段P14/ARF、P16/INK4A、 P15/INK4B 基因甲基化的研究,并分析其与临床特 征、疗效及预后的相关性,报告如下。 1 资料与方法 1.1 研究对象

收集2010 年4 月至2012 年12 月我院儿科收 治的58 例初诊为AML 的住院患儿的临床资料并 进行回顾性分析,包括临床特征、FAB 分型及细 胞遗传学改变等。所有患儿均经骨髓形态学、细 胞组织化学染色、细胞免疫分型及细胞遗传学确 诊。另选取38 例健康志愿儿童作为正常对照。本 研究获得AML 患儿及健康儿童志愿者监护人的知 情同意。 1.2 治疗方案

(1)急性早幼粒细胞白血病(APL,AMLM3) 患儿治疗方案: 应用全反式维甲酸 (ATRA,每日25 mg/m2,连续使用42 d)联合三 氧化二砷(As2O3,每日0.15~0.2 mg/kg,连续使 用28 d)行诱导治疗达完全缓解(CR)后,给予 去甲氧柔红霉素(IDA,每日10 mg/m2,连续使用 3 d),再予As2O3(每日0.15~0.2 mg/kg,连续使 用28 d)行强化治疗。上述治疗结束后随机分为 两组,分别予柔红霉素(DNR,每日45 mg/m2) 或DNR( 每日45 mg/m2)+ 阿糖胞苷(Ara-C, 每12 h 1 000 mg/m2),每疗程均连续使用3 d, 连用2 个疗程。维持治疗期采用ATRA( 每日 20 mg/m2,1~14 d) 联合6- 巯基嘌呤(6-Mp,每 日100 mg/m2,15~28 d) 和甲氨蝶呤(MTX,每 日20 mg/m2,15 d 和22 d)进行治疗,共维持治 疗2 年。缓解期行腰穿和地塞米松(4 mg)+Ara-C (36 mg)+MTX(12 mg)的三联鞘注4 次。

(2)非AML-M3 患儿治疗方案:该组患儿采 用AML-99 方案进行化疗,详见文献[13]1.3 基因组DNA 提取

取AML 患儿和健康儿童志愿者骨髓液或 外周血2 mL,采用DNA 提取试剂盒(Axygen Biosciences 公司,美国)提取基因组DNA,-20℃ 保存备用。 1.4 MS-MLPA 法行甲基化检测

所用试剂盒购于荷兰MRC-Holland 公司 (ME024-B1),具体操作步骤如下:(1)DNA 变性: 取5 μL(20 ng/μL)DNA 样品,98 ℃ 处理 5 min,25℃暂停。(2)探针与DNA 的杂交:取 出样品,降至室温,加入3 μL 杂交混合液(1.5 μL SALSA probemix+1.5 μL MLPA 缓冲液),95℃处 理1 min,60℃温浴16~24 h。(3)连接及连接- 消化:PCR 仪降到20℃,取出PCR 管;每管加 入3 μL ligase buffer A 和10 μL 水,吹打混匀;每 个标本分为a、b 两管,各取10 μL 混合液到新的 PCR 管;将所有管放回PCR 仪,48℃暂停;往a 管中加入10 μL 连接酶混合液(8.25 μL 水+1.5 μL ligase buffer B+0.25 μL ligase-65 酶),混匀,往 b 管中加入10 μL 连接酶- 消化混合液(7.75 μL 水+1.5 μL ligase buffer B+0.25 μL ligase-65 酶+0.5 μL HhaI 酶),混匀;48℃温浴30 min 连接消化;98 ℃ 加热5 min 灭活酶;20 ℃ 暂停。 (4)接探针的PCR 扩增:从PCR 仪中取出样品, 降至室温;加入10 μL PCR 混合液(7.5 μL 水+2 μL PCR Primer Mix+0.5 μL SALSA Polymerse) 行PCR 扩增,95℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸 60 s,35 个循环后,72℃再延伸20 min,15℃暂停。 (5)PCR 产物的毛细管电泳:取0.5 μL PCR 产物, 加入0.5 μL 500LIZ® Size Standard 和9 μL Hi-DiTM Formamide 行毛细管电泳。(6)结果分析:所得 结果通过GeneMapper 4.0 和Coffalyser 软件进行半 定量分析,了解目的基因的片段缺失或扩增情况。

该MS-MLPA 试剂盒中,包含9 个甲基化检测 探针,可检测CDKN2A(P14/ARF、P16/INK4A)、 CDKN2B(P15/INK4B)基因启动子区域的甲基化 状态。各探针的详细情况见表 1

表 1 MS-MLPA 试剂盒中甲基化特异性探针列表
1.5 随访

随访时间截止至2013 年12 月20 日或失访日 期,中位随访时间为16 个月(1~45 个月)。无事 件生存(EFS)期定义为自诊断到第1 次事故(包 括分子生物学和临床复发、在CR 期间的死亡)或 末次随访日期;无病生存(DFS)期定义为自CR 至白血病复发或在CR 期间死亡或末次随访日期。 总生存(OS)期指自诊断到死亡或末次随访日期。 1.6 统计学分析

采用SPSS 16.0 统计软件对数据进行统计学分 析,计量资料以中位数(范围)表示,组间比较采 用秩和检验;计数资料用百分率(%)表示,样本 率的比较采用χ2 检验。生存分析应用Kaplan-Meier 法和log-rank 检验。p<0.05 为差异有统计学意义。 2 结果 2.1 AML 患儿的一般资料

58 例AML 患儿中,男36 例(62%),女 22 例(38%),中位年龄8 岁(1~13 岁)。中位 初诊白细胞数为17.3×109/L(0.8~504.8×109/L), 中位初诊血红蛋白为85 g/L(43~134 g/L),中位 初诊血小板数为44×109/L(9~228×109/L)。 2.2 MS-MLPA 法行甲基化检测结果

在健康儿童中各探针均未发现甲基化。在 AML 患儿中,157 bp 探针、427 bp 探针和171 bp 探针未检测到甲基化;检测到CDKN2A 基因的甲 基化包含136 bp 探针和237 bp 探针; CDKN2B 基 因的甲基化涉及130 bp 探针、210 bp 探针、220 bp 探针和417 bp 探针。 2.2.1 甲基化特异性探针检测结果与临床特征、预后的关系

在44 例(76%)AML 患儿中检测到 至少1 个探针的甲基化,37 例(64%)AML 患儿 中检测到至少2 个探针的甲基化。依据每一个探 针的检测结果分为非甲基化组和甲基化组。各探 针非甲基化组和甲基化组之间进行比较后发现, 136 bp 探针甲基化组患儿的血红蛋白水平[123.5 g/L (113~134 g/L)] 高于非甲基化组[84 g/L(43~127 g/L)] (p=0.026),130 bp 探针甲基化组患儿的血小板 水平[38×109/L(9~160×109/L)] 低于非甲基化组 [75×109/L(30~228)×109/L](p=0.029),417 bp 探针甲基化组患儿的男性比例高于非甲基化组 (p=0.003)。不同FAB 分型AML 患儿各探针甲基 化百分比情况见表 2,只有130 bp 探针在不同FAB 分型患儿中甲基化的比例有明显的差异(p=0.034)。 各探针的非甲基化组和甲基化组的EFS、DFS 和OS 率之间差异均无统计学意义,然而220 bp 探针甲基 化组的DFS 和EFS 率相比非甲基化组有降低趋势。 患者年龄与患者甲基化探针数目之间无明显的相 关性;患儿高甲基化的探针数目与其EFS、DFS 及 OS 率之间无明显的相关性。

表 2 不同FAB 分型AML 患儿CDKN2A 与CDKN2B 基因甲基化发生率 [例(%)]
2.2.2 CDKN2A 和CDKN2B 基因甲基化与AML 的FAB 分型之间的关系

AML 患儿中, CDKN2A 的甲基化率仅为5%,而CDKN2B 的甲 基化较为常见,各探针甲基化率为76%。AML-M3 和AML-M4 的CDKN2B 甲基化发生率为100%。 随访结束时3 例AML-M3 患儿均无病生存;7 例 AML-M4 患儿中,4 例为M4eo(CBFB/MYH11 阳性), 1 例放弃治疗,3 例复发。 2.2.3 基因甲基化与细胞遗传学结果之间的关系

46 例患儿进行细胞遗传学检测,1 例未见分裂 像。按照文献[2] 所述,依据细胞遗传学结果将45 例患儿分为预后良好组(n=27),其中t(8;21) 21 例,t(15;17)3 例,inv16(CBFB/MYH11)3 例; 预后中等组(n=11)和预后不良组(n=7)。上述 3 组中均有基因甲基化,预后良好组患儿发生甲 基化24 例(89%),预后中等组患儿发生甲基化 7 例(64%),预后不良组患儿发生甲基化5 例 (71%),三组间比较差异无统计学意义(p=0.174)。 3 讨论

AML 是一种克隆性起源于髓系多能干细胞 或很早期的祖细胞突变而引起的造血系统恶性肿 瘤。近半数AML 患者存在细胞遗传学异常,细胞 遗传学正常的患者,可存在其他的体细胞突变, 影响患者的预后[14]。除了遗传学改变之外,表观 遗传学在肿瘤发生中也起到了重要的作用[3]。基 因的甲基化在表观遗传学的研究中也越来越引起 重视。富含CG 的区域,即CpG 岛多位于基因启 动子区,并且一般在健康组织中为非甲基化[4, 15, 16] 状态。这些基因的启动子区的甲基化常会导致基 因的转录沉默,是肿瘤发生过程中基因沉默的重 要机制之一[4, 12]。其中最常研究的是CDKN2B 基 因(P15/INK4B)和与它功能类似的CDKN2A 基 因(包含很多转录变体:亚型1,P16/INK4A;亚 型4,P14/ARF)[17]。本研究应用MS-MLPA 方法 对58 例初诊儿童AML 的9P21 区域的CDKN2A 和 CDKN2B 基因进行甲基化检测,发现CDKN2A 的 甲基化率仅为5%,而CDKN2B 的甲基化较为常见, 占76%。

Galm 等[7] 的研究认为基因甲基化与OS 及初 诊时的白细胞计数无关。而本研究中发现,部分 探针甲基化与初诊时的性别、白细胞和血小板计 数有关。其原因可能与不同的实验方法、不同年 龄阶段等有关,需要进一步扩大样本量进行深入 研究。

有研究认为,约50%~60% 的APL 患者发生 P15 启动子区的甲基化,并且在未联合应用As2O3 时,P15 启动子区的甲基化为预后不良的因素[18]。 当复发APL 患者应用As2O3 治疗之后,P15 甲基化 不影响预后[19]。在本研究的APL 患者中,P15 甲 基化率为100%,与既往报道文献并不完全一致, 可能与不同的检测方法、年龄及样本量小有关。 同时,本研究中的3 例P15 甲基化患儿均长期无 病生存,可能与应用含有As2O3 的治疗方案有关。 相似的,Markus 等[20] 的研究中,inv(16)的P15 平均甲基化水平为4.6%(2%~11%),远低于本 研究中AML-M4 患儿中P15 甲基化率(100%), 亦可能与不同的检测方法、年龄差别有关。

Cechova 等[12] 也应用了MS-MLPA 方法检测 9P21 区域甲基化的情况,其中13 例成人AML 的 P15 的甲基化率为100%,P14 甲基化率为62%, P16 甲基化率为46%。国内范丽萍等[11] 研究成 人AML,P16 基因甲基化率为39%。本研究中, P15 甲基化率与成人的相似,而P14 和P16 的甲 基化率则明显低于成人,其原因可能与研究样本 的年龄差异有关。有研究表明,在AML 中存在 IDH1/2、DNMT3A、TET2 等基因的重现性突变, 这些基因编码的蛋白质参与了表观遗传学途径, 破坏胞嘧啶共价修饰的平衡可能是髓系白血病发 病的关键步骤[4, 5]。然而,众所周知,儿童AML 中IDH1/2、DNMT3A、TET2 的突变率极低,与成人 存在明显差异[21, 22]。这提示,儿童AML 的发病可 能存在其他机制。基于成人与儿童具有相似的P15 甲基化发生率,同时,在MDS 中,P15 甲基化的 发生率会随着疾病进展到AML 而明显增加[12, 23], 因而我们推测:通过对P15 甲基化相关的通路进 行研究可能发现儿童与成人AML 的共同发病机制。

众所周知,DNA 甲基化在AML 的发病中起 到一定的作用,而DNA 的甲基化过程是可逆的, DNA 甲基化转移酶是甲基化过程中关键的一环。 已有文献表明,DNA 甲基化转移酶抑制剂在AML 的治疗中是安全有效的[24]。遗憾的是本研究中的 病例尚无应用该类药物的经验。此外,本组患儿 不同FAB 分型组别间样本含量差别较大,如M3 型组仅3 例,且总体样本量偏小,可能对结果有 一定的影响,需要进一步扩大样本量进行深入研 究。加强儿童AML 中基因甲基化的基础和临床方 面的研究是我们努力的方向。

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