中国当代儿科杂志  2018, Vol. 20 Issue (6): 490-496  DOI: 10.7499/j.issn.1008-8830.2018.06.012

引用本文  

陈乐陶, 杨土保, 王婷婷, 等. 中国人群心脏转录因子的单核苷酸多态性与先天性心脏病关系的Meta分析[J]. 中国当代儿科杂志, 2018, 20(6): 490-496.
CHEN Le-Tao, YANG Tu-Bao, WANG Ting-Ting, et al. Association of single nucleotide polymorphisms of transcription factors with congenital heart diseases in the Chinese population: a Meta analysis[J]. Chinese Journal of Contemporary Pediatrics, 2018, 20(6): 490-496.

基金项目

湖南省自然科学基金面上项目(2018JJ2551);中南大学人才引进基金资助项目(502045001)

作者简介

陈乐陶, 女, 硕士研究生

通讯作者

秦家碧, 男, 教授

文章历史

收稿日期:2018-03-06
接受日期:2018-04-04
中国人群心脏转录因子的单核苷酸多态性与先天性心脏病关系的Meta分析
陈乐陶 , 杨土保 , 王婷婷 , 郑赞 , 赵丽娟 , 叶子薇 , 张森茂 , 秦家碧     
中南大学湘雅公共卫生学院流行病与卫生统计系, 湖南 长沙 410078
摘要目的 评价中国人群心脏转录因子(NKX2.5、GATA4、TBX5、FOG2)的单核苷酸多态性(SNP)与先天性心脏病(CHD)的关系。方法 检索PubMed、Google学术、中国知网、万方数据资源系统、重庆维普数据库等中英文数据库获取中国人群目标基因SNP与CHD关系的文献。当同一位点研究文献数≥2时,采用随机或固定效应模型将各研究结果合并,计算合并OR及95%CI。若位点只在单篇文献中提及,则提取文献相关数据计算该位点SNP与CHD的关系。结果 共纳入23篇文献。Meta分析结果显示,GATA4中rs1139244和rs867858的基因型和等位基因频率及rs904018的基因型频率在CHD组和对照组中差异有统计学意义,未发现其余基因位点SNP在CHD组和对照组中差异有统计学意义。单篇文献分析结果显示,NKX2.5中rs118026695和rs703752、GATA4中rs884662、rs12825、rs12458、rs3203358、rs4841588及TBX5中rs6489956等位基因频率在两组中差异存在统计学意义。现有FOG2基因位点的SNP在两组中差异无统计学意义。结论 中国人群NKX2.5、GATA4、TBX5基因的一些现有位点的SNP与CHD的发生有关;尚未发现FOG2基因现有位点的SNP与CHD的发生有关。
关键词先天性心脏病    心脏转录因子    单核苷酸多态性    Meta分析    中国人群    
Association of single nucleotide polymorphisms of transcription factors with congenital heart diseases in the Chinese population: a Meta analysis
CHEN Le-Tao , YANG Tu-Bao , WANG Ting-Ting , ZHENG Zan , ZHAO Li-Juan , YE Zi-Wei , ZHANG Sen-Mao , QIN Jia-Bi     
Department of Epidemiology and Health Statistics, Xiangya School of Public Health, Central South University, Changsha 410078, China
Abstract: Objective To study the association of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of transcription factors (NKX2.5, GATA4, TBX5, and FOG2) with congenital heart disease (CHD) in the Chinese population.Methods PubMed, Google Scholar, CNKI, Wanfang Data, and Weipu Data were searched for articles on the association of SNPs of target genes with CHD in the Chinese population. If one locus was mentioned in at least two articles, the random or fixed effect model was used to perform a pooled analysis of study results and to calculate the pooled OR and its 95%CI. If a locus was mentioned in only one article, related data were extracted from this article to analyze the association between the SNPs of this locus and CHD.Results Twenty-three articles were included. The Meta analysis showed that there were significant differences between the CHD and control groups in the genotype and allele frequencies of GATA4 rs1139244 and rs867858 and the genotype frequency of GATA4 rs904018, while there were no significant differences in the SNPs of the other genetic loci between the two groups. The single-article analysis showed that there were significant differences between the two groups in the allele frequencies of NKX2.5 rs118026695/rs703752, GATA4 rs884662/rs12825/rs12458/rs3203358/rs4841588, and TBX5 rs6489956. There were no significant differences in the SNPs of FOG2 locus between the two groups.Conclusions The SNPs of some loci in NKX2.5, GATA4, and TBX5 are associated with CHD in the Chinese population, but the association between the SNPs of FOG2 locus and the development of CHD has not been found yet.
Keywords: Congenital heart disease    Transcription factor    Single nucleotide polymorphism    Meta analysis    Chinese population    

先天性心脏病(congenital heart disease, CHD)是由心脏和/或大血管组织结构异常导致的心脏形态与功能改变的一组疾病。无论是可自愈的微小畸形或缺损还是导致胎儿先天缺陷或死亡的严重畸形都是CHD的具体表现形式[1]。尽管检测技术与治疗水平不断发展,但仍有3%的CHD婴儿死亡,46%的先天畸形死亡归因于CHD[2]。CHD是由遗传因素和环境因素共同作用引起,国内外对CHD的遗传机制研究表明染色体畸变和单、多基因突变可引发CHD,并且证实了心脏转录因子在调控心脏发育过程中起到重要作用[3]。已有的心脏转录因子基因突变的Meta分析仅限于基因突变人数对CHD的影响[4]或未区分种族只针对NKX2.5基因中63A > G(rs2277923)和606G > C(rs3729753)的等位基因频率与CHD的关系[5]。本研究从对心脏早期发育最重要的3种心脏转录因子NKX2.5、GATA4、TBX5和GATA家族的辅助转录因子FOG2入手,汇总比较了4种基因的所有单核苷酸多态性(SNP)在中国CHD患者和正常对照组中的分布情况,评价中国人群心脏转录因子的基因SNP与CHD之间的关系。

1 资料与方法 1.1 检索策略

检索PubMed、Google学术、中国知网、万方数据资源系统、重庆维普数据库从建库到2017年12月发表的文献。检索词为先天性心脏病、心脏转录因子、单核苷酸多态性、NKX2.5、GATA4、TBX5、FOG2、病例对照研究等及其相应的英文表达。

1.2 文献纳入与排除标准

纳入标准:(1)研究对象为单纯性CHD(指不伴有其他器官的畸形)患者;(2)研究类型为基于中国人群的病例对照研究;(3)研究目标为NKX2.5、GATA4、TBX5、FOG2基因所有位点的SNP与CHD的关系;(4)文中数据可以直接提取或通过计算得到相应基因位点SNP与CHD的比值比(OR)及95%可信区间(CI);(5)如果同一作者在两篇文章中纳入同一对象,选取最全面且发表时间最近的文章。排除动物实验、重复报告等文章。

1.3 资料提取

制定原始信息提取表,收集内容如下:(1)第一作者及发表年份;(2)基因类型、SNP位点及突变类型;(3)CHD类型;(4)CHD组及对照组样本量;(5)DNA来源(血液或心肌组织);(6)Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验结果;(7)文献质量评分。

1.4 文献质量评价

纳入文献的质量参考Newcastle-Ottawa Scale(NOS)评分标准[6]。该量表的评分范围为0~9分,当评分≥7分认为是高质量研究。筛选文献、提取数据、质量评价工作由两人独立完成,出现分歧时共同讨论解决或由第三人协商直至达成一致。

1.5 统计学分析

心脏转录因子的基因SNP与CHD的关系均采用OR值及95%CI表示。当同一基因位点研究文献数≥2时,将同一位点的SNP与CHD关系的数据进行合并整理。异质性检验用Q检验和I2值表示,当I2 > 50%或P≤0.1时结果存在异质性,使用随机效应模型;反之,使用固定效应模型分析。若目标基因的位点只在单篇文献中提及,则提取文献中相关数据计算位点的SNP与CHD的关系。当总文献数量≥10时采用敏感性分析评价结果的稳定性并使用“漏斗图”、Egger's检验分析可能存在的发表偏倚。Egger's检验应用SAS 9.2软件,其余统计分析采用Revman 5.3软件。

2 结果 2.1 文献纳入情况

初检索共检出281篇文献,阅读标题、摘要和全文,剔除不符合纳入标准及重复文献258篇,最终纳入23篇文献[7-29](8篇为英文,15篇为中文)。

纳入的23篇文献中,CHD患者合计5 385人,正常对照合计5 125人。NKX2.5基因共14篇文献涉及7个位点研究基因型或等位基因频率在CHD组和对照组中的差异,GATA4基因有9篇涉及17个位点,TBX5基因有2篇涉及6个位点,FOG2基因有1篇涉及6个位点。14篇文献对具体CHD亚型与基因SNP关系进行分析。纳入文献的NOS平均评分为7.3分,说明纳入文献的质量相对较高。纳入文献的具体特征见表 1

表 1 23篇纳入文献的基本特征
2.2 Meta分析结果

由于很多基因位点只在单篇文献中有报道,因此本研究将2篇及2篇以上的同一基因位点的相同基因型或等位基因与CHD关系的数据进行合并整理(表 2)。Meta分析结果显示,NKX2.5中两个当前研究较多的SNP位点rs2277923和rs3729753的基因型和等位基因频率在CHD患者和对照组的差异均无统计学意义。GATA4中rs1139244和rs867858的基因型和等位基因频率及rs904018的基因型(GA/AA)频率在CHD患者和对照组中差异均有统计学意义。GATA4中rs1139244和rs867858的SNP(包括基因型和等位基因)的OR值均大于1,说明这两个位点的SNP是CHD发生的危险因素;而rs904018的基因型(GA/AA)频率的OR值小于1,说明该位点的基因型(GA/AA)是CHD发生的保护性因素。对于GATA4其他位点和TBX5基因位点rs883079,未发现其在两组中的差异存在统计学意义。FOG2基因由于未有2篇或2篇以上报道,未对其进行Meta分析。

表 2 心脏转录因子SNP与CHD的关系
2.3 基因SNP与具体CHD分型VSD和ASD的关系

当目标基因位点SNP的纳入文献数≥10时,采用亚组分析的方法探讨目标基因位点与具体CHD分型的关系。由表 2可得,NKX2.5基因的rs2277923位点的基因型(GG/AA、GA/AA)和等位基因(G/A)纳入文献数均≥10篇,整合数据提示,rs2277923基因型GG/AA(OR=1.09,95%CI=0.69~1.74,P=0.71)、GA/AA(OR=0.96 95%CI=0.74~1.25,P=0.77)与等位基因频率G/A(OR=1.15,95%CI=0.81~1.64,P=0.43)在VSD组与对照组中差异均无统计学意义;rs2277923基因型GG/AA(OR=0.50,95%CI=0.20~1.24,P=0.14)、GA/AA(OR=0.46,95%CI=0.21~1.00,P=0.05)与等位基因频率G/A(OR=0.78,95%CI=0.49~1.24,P=0.29)在ASD组与对照组中差异均无统计学意义。其他基因与位点由于纳入文献数量较少或缺少相关数据未进行分析。

2.4 单篇报道的4种心脏转录因子SNP与CHD的关系

NKX2.5、GATA4、TBX5、FOG2这4种基因的许多位点只在单篇文献中有报道,本研究统一将其等位基因频率在CHD患者和对照组中的关系整理在表 3中。由表 3可见,NKX2.5基因中的rs703752和rs118026695、GATA4基因中的rs884662、rs12825、rs12458、rs3203358、rs4841588及TBX5基因中的rs6489956等位基因频率在两组中差异有统计学意义。FOG2基因位点的等位基因频率在两组中差异无统计学意义。

表 3 单篇报道的心脏转录因子SNP与CHD的关系
2.5 敏感性分析及发表偏倚评价

对于文献数量≥10篇的文献,采用逐一剔除的方法,观察与原始结果是否一致。对于NKX2.5基因中位点rs2277923的基因型和等位基因频率与CHD发生的关系在每次排除1篇文献后结论不变,即Meta分析结论稳定。漏斗图(图 1)及Egger's检验也均未提示本研究存在发表偏倚。


图 1 NKX2.5基因rs2277923位点SNP的漏斗图 从左至右的3幅图分别指rs2277923基因多态性GG/AA、GA/AA及G/A与CHD关系的漏斗图,均显示无发表偏倚。
3 讨论

CHD全球发病率约为6~8/1 000个活产儿,在高龄产妇和早产儿中发病风险会相应升高[30]。CHD作为先天畸形中发病率及病死率最高的疾病,是医学工作者探索的热点领域,而心脏转录因子基因突变是否会直接导致CHD的发生更是当前研究者希望攻克的命题。

心脏转录因子是在心脏发育过程中调控基因在特定的时间与空间表达的重要的转录活化因子[3, 31]。NKX2.5、GATA4、TBX5为心脏早期发育最重要的3种心脏转录因子[9]。NKX2.5基因是心脏前体细胞分化的最早标志物,贯穿于心脏的整个发育阶段[32]。本Meta分析并未发现NKX2.5的基因位点rs3729753的SNP与CHD及具体CHD分型有关,与Xie等[5]和Wang等[33]的Meta分析结果一致,而基因位点rs2277923与CHD的发生无关的结果却与上述两篇Meta分析结果不一致。在异质性较小、无发表偏倚的条件下,结果的偏差可能是由于本Meta分析的研究对象特定为中国人群,且纳入的文章均为小样本的病例对照研究,这就需要之后的研究者开展更多的相关研究以增加结果的可信性。对于GATA4基因,位点rs1139244、rs867858和rs904018与CHD的发生有关,与Zhang等[34]的Meta分析结果“位点rs867858与CHD的发生有关,99G > T与CHD的发生无关”一致。这些结果提示,即使锌指转录因子GATA4在心脏细胞分化、表达中起重要作用,也并不是所有的位点都与CHD有关,为今后的研究提供了侧重方向。两篇关于TBX5基因位点rs883079的合并结果显示其与CHD的发生无关,这可能与纳入文献过少导致的低检验效能有关。尽管动物试验已经证实TBX5基因突变与Holt-Oram综合征和单纯性CHD有关[35],但人群中特定的TBX5位点的基因突变是否会直接导致CHD仍存在争议。

目前研究普遍认为,心脏转录因子作为心脏发育过程中的重要调控基因,当发生基因突变时会减弱DNA与心脏转录因子的结合能力并改变蛋白质的表达从而使转录因子活性下降,且基因间的转录协同作用被破坏,最终导致心脏发育异常[9, 36-37]。本研究显示:NKX2.5、GATA4、TBX5基因的一些位点的SNP与CHD发生有关,但尚未发现FOG2基因位点的SNP与CHD有关,说明NKX2.5、GATA4、TBX5的基因突变是CHD发生的危险因素,也间接证明这3种基因是心脏发育不可缺少的重要的心脏转录因子,并为目标基因的特定基因位点与中国人群CHD的易感性提供一定依据。

本研究仍存在一些不足:首先,由于Meta分析是基于现有研究数据进行整合,但针对心脏转录因子的基因SNP包括基因型和等位基因测序结果的研究数量有限,只有部分基因的SNP数据可以通过Meta分析进行整合。很多基因的位点只在单篇文章中有报道,本研究只能将这些位点的等位基因频率对CHD的影响归纳整理在表格内,方便以后的研究者查阅使用。其次,除单篇文章外,使用Meta分析方法整合研究的总样本量均偏小,检验效能相应偏小,因此需要更多的研究者就此课题开展更深入的探索。最后,由于纳入文献的对照组选择标准(纳入对象的年龄、性别、CHD种类等)不同且缺少原始数据无法控制混杂因素,同样会影响最终的结果。

综上,本Meta分析显示,中国人群NKX2.5、GATA4、TBX5基因的一些现有位点的SNP与CHD的发生有关;尚未发现FOG2基因现有位点的SNP与CHD的发生有关。CHD的致病机制一直是广大医学工作研究者探索的方向,本研究通过Meta分析探索中国人群NKX2.5、GATA4、TBX5、FOG2基因的所有现有位点的SNP包括基因型和等位基因频率与CHD的关系,可为之后的相关研究提供参考。

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